В настоящее время состояние Игнатьевской пещеры вызывает тревогу у экологов.
Пещера осыпается, происходит повреждение древних палеонтологических рисунков. Туристы оставляют на сводах пещеры надписи. Растёт число «Чёрных копателей».
В соответствии с соглашением о взаимодействии в сфере организации и осуществления охраны, сохранения и рекреационного использования Серпиевского государственного природного комплексного заказника Челябинской области и объекта культурного наследия федерального значения – «Игнатьевская пещера» от 31.07.2015г., а также на основании действующей лицензии на право пользования недрами (ЧЕЛ 02893 ПД) Областное государственное учреждение «Особо охраняемые природные территории Челябинской области» уведомляет о том, что с 24 июня 2016 года доступ в Игнатьевскую пещеру ограничен.
Как сообщает пресс-служба минэкологии региона, экскурсии по территории Серпиевского государственного природного комплексного заказника Челябинской области и Игнатьевской пещеры проводятся по экскурсионному маршруту Областного государственного учреждения «Особо охраняемые природные территории Челябинской области», утвержденному Министерством культуры Челябинской области и только с согласованием данного мероприятия с Учреждением.
В соответствии с порядком посещения Игнатьевской пещеры, утвержденным приказом Министра культуры Челябинской области от 20.05.2015г. № 175, устанавливается максимальная численность участников экскурсии не более 15 человек, максимальное число экскурсий в день – 2. Посещение пещеры допускается только в сопровождении специалистов Областного государственного учреждения «Особо охраняемые природные территории Челябинской области».